PROTOTYPE разказва история на един човек Alex Mercer , преследван от миналото си и водещ тайна война в New York City. Когато всичко което прави  излизат от контрол съдбата на цялото човечество е заложена на карта. Mercer може да приема формата и да придобива уменията на всичко, пред което се изправи, но това не е достатъчно , за разбере  истината и да спаси себе си и света.